拆迁户主不同意协议在一定情况下是有效的，但要具体根据法律规定和合同条款来看。
首先，根据《物权法》第五十三条的规定，土地使用权人可以依法处分土地使用权，但必须符合法律、行政法规的规定。拆迁协议就是一份合法协议，但如果它存在违法违规的情况，拆迁户有权不同意协议，这是有效的。
其次，在签订拆迁协议之前，双方应该保持平等地位，协商达成协议。如果拆迁发生的时候，拆迁户在签订协议之前没有得到足够的信息或者没有得到自己的权利和利益的保护，那么这个协议是不合法的，拆迁户可以拒绝签署。
此外，在协议签订后，如果拆迁单位未能履行协议条款或者全部或部分违反了法律、法规或者政策的规定，造成拆迁户的损失，拆迁户有权选择要求拆迁单位重新协商或者通过诉讼方式维护自己的合法权益，这种情况下，拆迁户不同意协议也是有效的。
综上所述，拆迁户主不同意协议是有法律依据的。但同时也需要注意，拒绝签署协议并不能保证最终结果对自己有利，拆迁户在签署协议前应该仔细审查协议条款，保护自己的权益。
