分居两年对抚养权确实有重要的影响。在家庭关系中，当夫妻分居达到两年以上时，根据相关法律规定，这种状态就被视为夫妻关系的破裂。此时，如果两人要离婚，分居时间将成为关键因素。分居两年以上的情况可以被视作夫妻之间的实质性关系已经终止，这将影响到抚养权的判定。
在处理离婚案件时，抚养权是法庭需要考虑的最重要的问题之一。根据法律规定，抚养权的判决应该根据孩子的最佳利益作出，而不仅仅考虑父母的需求或个人意愿。分居两年以上后，法庭将更倾向于保证孩子性格的完整性、学业的正常进行，以及父母关系的稳定，因此这将在判定抚养权的过程中成为一个有力的证据。
同时，分居时间的长短也将成为关键的考虑因素。在一些离婚案件中，父母之间的分居时间如果不到两年，法庭可能会认为他们之间的关系还不够破裂，因此不会采纳分居的证据作为判决抚养权的重要因素。相反，如果父母的分居时间更长，法庭将解释为这已经是一种长期的生活方式，孩子们已经适应了这种生活方式，并且可能更习惯于在某一方的监护下生活。这将直接影响法庭在确定抚养权问题上的判断。
因此，分居两年对抚养权确实有重要的作用，因为这个时间段实质上已经改变了父母关系的本质。在弄清楚这个关系的状态后，法庭将更有可能在判决抚养权问题上做出更为明智的决定，以保证孩子的长期利益得到最大程度的保障。
