协议拆迁是对土地征用和拆迁的一种方式，是指征收单位和被征收人达成协议后，根据协议约定进行拆迁和补偿的过程。虽然协议拆迁是合法的拆迁方式，但仍存在一些问题。
首先，协议拆迁中的被征收人权益往往无法得到有效保障。由于被征收人处于相对弱势的地位，他们在面对政府征地时往往难以获得公正评估和补偿。并且有的地方政府征地拆迁相关部门存在腐败问题，存在强制拆迁、低价征收和不合理安置等问题，使得被征收人的利益得不到保障。
其次，协议拆迁中的被征收人面临再次“上位”的难题。虽然协议都有相关补偿，但考虑到现实情况，大多数被征收人很难重新找到满意的居住地点，再次上位变得很难，其权益受到了不小的损害。
最后，由于协议的缺乏透明度和公示，很难保证政府部门不会利用权力以偏概全或与部分征收对象达成隐秘协议。这种做法是不合法的，而且往往被征收人与政府之间的关系变得复杂难以理解和协商。
综上，协议拆迁是一种在现实中不可避免的法律手段。但需要科学合理的程序和严格保障，来保护公众的利益。在实现城市化和新农村建设的同时，也要为协议拆迁的政策制订完善规则和制度，公正合理的执行协议拆迁，做好被征收人的福利保护。
