协议离婚可以在人民法院或民政部门办理，具体选择哪个单位要根据具体情况来判断。
人民法院是协议离婚的常见办理单位之一。如果夫妻双方都同意离婚，并能达成双方满意的离婚协议，可以准备好相关材料，向所在地区的人民法院提起协议离婚诉讼。离婚诉讼需要提交的证据和材料有：离婚协议书、结婚证书、身份证明、户口本等等。法院将对申请的离婚协议进行审查，确认不存在违反法律规定的情况后，会裁定离婚。
民政部门也可以办理协议离婚。民政部门的协议离婚手续相对于人民法院更加简便，不需要提起诉讼。需要到民政部门办理协议离婚的夫妻，可以直接携带相关材料，到当地的婚姻登记机关进行办理。需要携带的材料和法院相近，需要注意的是民政部门多要求加盖财产分割证明和离婚协议公证书。
总的来说，选择在那个机构办理协议离婚要根据夫妻双方的具体情况进行判断，如果需要财产分割等特殊情况的，则需要选择法院对于申请的相关材料进行审查。如果离婚情况简单，则可以选择民政部门进行办理。
