在衢州市，离婚协议可以在以下部门进行补办：
1. 衢州市各区县人民法院：离婚协议是离婚程序中必须的重要文件，如果离婚时未签订协议或签订的协议有缺陷，可以在当地人民法院进行补办。需要注意的是，补办离婚协议需要缴纳一定的费用，并按照法院规定的流程进行。
2. 衢州市民政局：离婚协议是离婚过程中与人民法院同等重要的文件之一。如果离婚时签订的协议有误或遗漏，可以向当地的民政局进行补办。补办时需要带齐相关材料和手续，并缴纳一定的费用。
3. 律师事务所：如果当事人需要重新起草离婚协议，可以到律师事务所咨询。律师会根据当事人的情况起草一份合适的协议，并指导当事人如何补办、修改离婚协议及所需的手续和费用等。
总之，衢州市离婚协议的补办需要在人民法院、民政局或律师事务所进行。当事人应当根据自己的实际情况选择合适的渠道进行补办，并认真履行相应的手续和流程。
