孕期出轨协议离婚需要通过法律程序来处理，具体步骤如下：
1. 协议离婚：如果双方都希望尽快解决问题，可以选择协议离婚。双方可以自行商议离婚协议，并在法院进行调解后达成一致。
2. 诉讼离婚：如果双方不能达成一致，或者存在争议，可以进行诉讼离婚。需要律师代理，向法院提出离婚申请，由法院裁决离婚纠纷。
3. 财产分割：离婚时需要对夫妻共同财产进行分割，双方需进行协商。如果分歧太大，可以通过诉讼离婚来解决。
4. 子女抚养：对于已经怀孕或者有子女的夫妻，离婚时需要考虑子女的抚养问题。双方需就子女抚养、赡养费等问题进行协商。
5. 离婚协议：最终，双方需要签署离婚协议，确认离婚过程中需要处理的问题，并在法院进行备案。
总之，孕期出轨协议离婚是一件复杂的事情，需要双方充分沟通和协商，最好找到专业的律师进行咨询和指导。同时，在平时需要多加沟通，增强夫妻间的感情，避免类似情况的发生。
