一份有效的两个儿子抚养权协议应该包含以下几个方面：
1. 抚养权的分配：首先，协议应该明确规定每个儿子的抚养权，包括抚养儿子的时间、地点和方式。协议也应该考虑到每个儿子的生活需求和实际情况来制定。
2. 抚养费用的支付：协议还应规定每个儿子的抚养费用，包括日常生活费和学习费用等，并规定由哪个父亲支付。一般来说，如果父母离婚而双亲都有收入，他们会根据自己的收入来平分抚养费用。如果一个父亲收入更高，那么他应该支付更多的抚养费用。
3. 假期和节假日：协议还应考虑到在假期和节假日期间每个儿子应该由哪个父亲抚养，并规定如何安排相应的行程和活动。
4. 孩子的接触权：在协议中，还应该规定孩子家庭成员间的接触权，例如每个父亲每个月可以接待孩子几次，电话联系频率等，以便保障两个儿子与各自父亲之间的交往。
5. 核实和保密：签署此类协议的父母还应该确认书面档案的准确性，并严格保密相关信息以避免外泄。
总之，从孩子的角度出发，上述协议应该保证父母对孩子的守护、关注和照顾，保证孩子正常的成长和发展。在制定协议过程中，双方还应该积极沟通，了解对方的想法和需求，互相妥协，以维护两个儿子的福祉。
