对于农村宅基地厂房的处理，需要根据具体的情况来进行决定，并且需要遵守相关的法律法规。一般来说，宅基地厂房可以进行以下几种处理。
首先，如果厂房符合相关规定，可以进行合法化登记。根据《农村宅基地使用管理条例》的规定，宅基地厂房可以进行“三同时”登记，即同时在法定期限内符合国家规划和城乡建设要求、具备与宅基地合理配套关系、符合环境保护和安全生产要求。合法化登记能够让宅基地厂房在法律上得到保障，并能够享受到相关政策的扶持。
其次，如果厂房不符合相关规定，需要进行整治。宅基地不允许用于工商业用途，因此如果宅基地上出现了工业建筑，需要进行整治。相关部门可以要求业主拆除厂房，恢复原状，并根据情况进行行政处罚。此时，业主需要承担拆除费用和罚款等费用。
最后，宅基地厂房也可以进行转让或者租赁。如果业主不需要使用厂房，可以将其出售或者出租给有需要的人。但需要注意的是，业主需要遵守相关规定，转让或租赁前需要进行合法化登记并获得相关部门的批准。
总之，对于农村宅基地厂房的处理，需要根据具体情况进行决策，并严格遵守相关的法律法规，以确保相关权益的得到保障。
