农村宅基地是农民的基本生活用地，是保障农民住房需要的重要手段。但是，在一些地区，由于宅基地的使用权不明晰、权属不清等问题，导致宅基地被非法占用。这种情况下，应该如何进行补偿呢？
首先，需要明确的是，对于非法占用宅基地的行为，依法应该进行惩处，对于侵占土地的超过法定期限的行为，应当将土地恢复到原状。对于已经建造的房屋，如果符合相关规定，应该给予认定和登记。
在占用宅基地的过程中，占用者获得了非法收益，给宅基地的使用者造成了损失，因此在补偿时应该考虑两方面的因素。一方面，应该根据宅基地的实际价值，按照相应的补偿标准补偿给宅基地的使用者，同时考虑到使用者因此造成的其他损失。另一方面，应该追缴非法收益，并对不法占用者进行相应的法律制裁。这样才能最大程度上维护正义，保护宅基地的权益。
总之，对于农村宅基地被占用的情况，应该依法追究责任，同时对宅基地的使用者给予充分的补偿和保护，追缴非法收益，维护宅基地的权益。只有这样，才能让农民真正享受到自己的宅基地的权益，使农村的土地资源得到合理利用，同时也维护了国家的法律与秩序。
