在协议离婚的情况下，夫妻双方可以通过协商或者诉讼方式，分割夫妻共同财产，包括房产。在分割财产方面，夫妻双方必须达成共识，并签署协议离婚协议书，将财产分割的具体内容写入协议中。
在协议离婚后，若房产是双方共同拥有，房产证也是双方共同拥有。但是，双方可以协议约定如何处理房产证书。一般情况下，夫妻双方可以选择将房产证上的共同所有人变更为其中一方的名下，或者将房产证上的共同所有人去掉，再由一方独立持有，具体操作还需根据双方的具体情况而定。
但需要注意的是，若协议离婚的财产分割存在争议，需要走诉讼程序，法院判决后也会对房产证进行变更。在法院判决中，通常会考虑到各种因素，如房屋的性质、购买资金的来源、婚姻期间的财产状况、抚养子女的需求等等，最终判决结果也会根据状况而定。
总之，在协议离婚中，房产证是否共同，需要根据双方的情况具体处理。最好的方式仍然是婚前婚后签订婚前财产协议或者婚后夫妻财产协议，规避这些纠纷发生，并保障自己的权益。
