协议离婚房屋补偿款的分配通常遵循以下原则：
1. 房屋归属方面，如果房产是夫妻共同财产，那么应当达成一致协议，决定如何分配房产。如果其中一方单独拥有房产，那么补偿款会以其名义领取，并在夫妻协议或法院判决中明确列出。
2. 补偿款的数额方面，离婚夫妻应该根据房屋的实际价值、折旧率以及协议离婚时的市场行情等综合因素进行评估，并达成一致意见。如果达不成一致意见，可以请专业估价机构提供房屋估值报告，作为分配依据。
3. 补偿款的分配方面，通常是按照共同财产的比例进行分配。即使其中一方单独拥有房屋，如果婚姻期间另一方为该房屋做出了实质贡献，那么也应该按照共同财产的比例进行分配。
4. 补偿款的支付方式方面，双方也应该达成一致意见。有的夫妻可能会选择一次性支付，而有的夫妻可能会选择分期支付。在协议中应该明确约定支付方式、具体时间节点和支付金额等。
5. 对于涉及未成年子女的夫妻，最好在协议中明确约定房屋的使用权和归属问题，以避免子女权益受到损害。
总之，协议离婚房屋补偿款的分配要遵循公正、合理、协商一致的原则，尽量避免由于分配不公引起纠纷和不必要的麻烦。
