宅基地是指农村集体土地上，村民依法取得的居住用地。在宅基地中，厂房也是可以建设的。但由于历史原因，很多农村宅基地的厂房并没有得到合法的确权。对于这种情况，需要进行确权处理，以下是具体步骤：
一、调查核实
首先需要了解宅基地厂房的具体情况，可以通过调查，了解占地面积、使用年限、建筑形态等信息。在确定了这些基本信息之后，可以进一步进行后续操作。
二、编制方案
根据上述的调查情况，针对宅基地厂房的确权问题制定相应的方案。主要包括从法律上进行判定、制定后续措施等。
三、获得流转证
如果宅基地已经办理了流转，且通过了审批，只需要申请相应的文件即可。具体流程如下：
1.审批前需申请宅基地流转。
2.在宅基地流转过程中，需申请宅基地流转凭证。
3.该文件将含有关于宅基地及厂房的重要信息。若已拥有，整理流转凭证以清晰标示。
四、申请宅基地证
对于没有宅基地证的，需要进行申请。手续如下：
1.从村里申请宅基地证书。
2.需准备相关的材料，包括宅基地使用借（租）约、土地承包合同等原始文件。
3.根据相关文件进行填写，进行申请。
四、办理不动产权
在获得了宅基地证之后，就可以进一步申请不动产权。要掌握的问题有：
-申请登记的材料。
-产权证书格式以及其他需要注意的信息。
-审批时间长度。
在申请获得了不动产权之后，宅基地厂房的确权问题就基本上解决了。同时，为了确保权益，也可以在申请后将产权证复印并留存备案。
