根据《婚姻法》规定，离婚时需要进行孕检，主要是为了保障孩子的合法权益，防止出现未婚生子或者假荐亲子的情况发生。因此，民政局协议离婚也需要进行孕检。
以下是几种常见的情况：
情况一：未婚生子
如果一方或双方在婚姻关系存续期间存在未婚生子，那么在进行民政局协议离婚时，需要进行孕检，从而确定孩子的父亲是谁，避免出现孩子没有父亲的情况。
情况二：离婚后怀孕
如果离婚后没多久，其中一方再次怀孕，那么也需要进行孕检，以便确认孩子的亲生父亲是谁，保障孩子的权益。
情况三：假荐亲子
有一些人可能会利用离婚的机会，进行假荐亲子的行为。这种行为会对孩子的合法权益造成影响，因此，在进行民政局协议离婚时，需要进行孕检，以确保孩子的父母关系是真实的。
综上所述，民政局协议离婚需要进行孕检，主要是为了保障孩子的合法权益，防止出现未婚生子或者假荐亲子的情况发生。
