农村宅基地管理归属的主管部门主要是县级以上的农村土地管理部门。在我国的土地管理体制中，国务院决定了全国土地管理体制的基本框架，省级政府对全省土地管理工作进行统筹协调，县级政府对本地区土地管理工作进行实施和监管。因此，农村宅基地管理的具体实施和监督工作通常由县级以上的土地管理部门来负责。
具体而言，在实践中，农村宅基地的管理主要涉及土地使用权、权属证明、登记备案、审批等方面的工作。土地管理部门会根据农村宅基地管理的法律法规，并参考当地的实际情况，制定出相应的政策和规定，以保证农村宅基地的合法性和合规性，并在实施过程中对其进行有效的监督和管理。
此外，由于农村宅基地管理涉及到多个方面，包括土地管理、农村建设、环境保护等，因此，在实践中，不同的部门会根据各自的职责和任务，参与到农村宅基地的管理和监督中。具体包括农业、农村、林业、水利、环保、住建等相关部门。
总之，农村宅基地是一个重要的土地资源，其管理必须得到规范化、专业化的组织和领导。县级以上的土地管理部门是农村宅基地管理的主要负责部门，其他相关部门也必须积极参与到农村宅基地管理中，共同保障农村宅基地的发展和利用。
