拆迁协议合同纠纷是指在拆迁过程中，因为双方在签署合同过程中未能达成一致或者存在其他合同纠纷，导致无法顺利进行拆迁工作的情况。处理这类纠纷，需要本着公正、公平、合理的原则，尊重双方意愿，通过协商、调解、仲裁等方式解决。
首先，当发现拆迁协议合同纠纷时，当事人可以先进行协商解决。通过协商，双方可以尽可能地达成妥协，维护双方的合法权益。在协商过程中，应严格遵守法律法规，仔细审查协议内容，拿出有利证据和法律规定来支撑自己的要求。
其次，当协商无果时，当事人可以寻求调解。调解是一个较为灵活的解决方式，可以根据当事人的需要，寻找合适的解决方案。调解可以由政府部门、仲裁机构或者相关的社会组织来协调解决，具体方式需要根据当事人的情况和意愿来安排。
最后，如果调解也未能解决纠纷，当事人可以选择仲裁或者诉讼。在选择仲裁或者诉讼之前，当事人必须搜集充分的证据，出具相关证明材料，严格遵守法律规定，以免被认定为违法行为。当事人可以通过民事诉讼、行政诉讼等方式，向法院起诉，让法院通过判决等方式解决纠纷。
总之，在处理拆迁协议合同纠纷的过程中，需要双方当事人相互尊重，秉持合法、公正、公平的态度，尽快解决纠纷，维护双方的合法权益。如果遇到无法解决纠纷的情况，可以寻求法律途径解决。
