如果您签署了一份拆迁协议书，但至今已有三年时间，却没有拿到应得的款项，那么您应该采取以下措施：
1.寻求相关部门的帮助：首先，您可以到当地的城管、拆迁、房管等部门咨询情况，并反映您的问题。这样可能会有一些官方渠道的指引和帮助，同时也能为自己留下一份有效证据。
2.通过律师起诉：如果您认为找不到负责的管理部门，或者觉得部门对您的问题无动于衷，需要寻求法律的支持。可以找律师代表自己，通过法律途径讨回自己的权益。
3.投诉相关单位：如果以上两种方式均无效，您可以向相关的抗议部门进行有力的投诉，要求他们帮助解决问题。同时也可以深挖背后的原因。
4. 找媒体曝光：在自己的权益遭到侵害的情况下，也可以通过媒体等渠道曝光真相，让公众知道自己的遭遇，并引起有关人员的关注，一定程度上加大了解决问题的可能性。
综上所述，未拿到拆迁款项是一种非常严重的经济损失，需要及时采取行动，维护自己的合法权益。我们要明白，保障民众的生存与发展权利，是各级政府依法理应承担的重要职责，也是社会进步的重要保障之一。
