现役军人协议离婚申请流程如下：
第一步，双方协议离婚并签署离婚协议书。双方应当就子女抚养、财产分割、债务清偿等问题进行充分协商，并达成一致意见，签署离婚协议书。
第二步，准备好离婚协议书和相关材料。相关材料包括《军人婚姻登记表》、双方军官证或士兵证、家庭成员情况证明等。
第三步，向所在部队离婚登记机关递交离婚申请。申请须注明离婚协议内容，并提交相关材料。
第四步，离婚登记机关进行审核。审核合格后，将在申请人领取了申请表和离婚协议书（原件）的同时，发放离婚证书。
需要注意的是，如果有子女，双方还应当考虑子女抚养问题。如果双方未能达成一致意见，可向当地法院起诉，由法院作出裁决。此外，如果双方存在共同不动产、汽车等财产，还需要进行财产分割，并办理过户手续。
总之，现役军人协议离婚申请需要双方充分协商，并准备好相关材料。提交申请后，要等待离婚登记机关的审核，并及时领取离婚证书。
