如果申请的离婚协议丢失了，首先要尽快联系办理离婚的律师或法院，告知他们情况，以便进行补救措施。此时，不要慌乱，应该保持冷静，制定出相应的对策：
1.查找备份文件：在申请离婚的过程中，律师或法院可能已经制作了离婚协议的备份文件。因此，可以先联系他们，要求提供备份文件，以便重新签署。
2.重新签署协议：如果无法找到备份文件，则需要重新签署离婚协议。双方当事人可以再次协商，达成共识，起草新的离婚协议。
3.向法院申请补充证据：如果无法重新签署离婚协议，可以向法院申请补充证据。此时，需要提供与原协议相符的证明文件，例如当事人双方的签名、证人的证言等，以便法院重新认定离婚协议的有效性。
无论采取哪种方式，当事人都需要遵循法律程序，确保离婚协议的有效性和合法性。同时，对于离婚协议的丢失，双方当事人也应该吸取教训，认真保管好所有涉及个人财产和身份的文件，避免类似事件的再次发生。
