拆迁赔偿协议是指有关部门和拆迁居民在拆迁示范区内、城市更新规划范围内进行的拆迁和补偿协议，其签订是双方协商和自愿达成的。在协议的签订过程中，有关部门和居民应当根据相关法律法规和政策规定协商补偿标准，明确补偿方式和时间，并保证协议的公平、公正、合法性。一般来说，拆迁赔偿协议签订后，需要到以下机构进行登记存档。
第一，居民所在区的房屋管理部门。当拆迁赔偿协议签订后，居民需要到房屋管理部门提交拆迁赔偿协议和相关证件，以便房屋管理部门对其进行审核，并进行登记存档。
第二，建设部门。如果拆迁范围内的土地属于国有土地，拆迁赔偿协议签订后也需要到建设部门进行登记存档。建设部门负责审核协议的合法性和真实性，并在审核通过后对其进行登记存档，同时将协议的复印件交给居民。
第三，土地登记部门。如果拆迁赔偿协议涉及到土地所有权的转移或变更，居民需要到土地登记部门进行登记存档。土地登记部门负责对协议中的土地标识和权属进行核实，并在核实无误后对其进行登记存档。
最后，居民可以自己将拆迁赔偿协议存储在自己的个人档案内，以备后续维权使用。
总之，拆迁赔偿协议的登记存档是保证居民权益不受侵害和保障拆迁工作顺利进行的重要措施，居民在签订协议后务必要及时进行登记处理，以便及时维护自己的合法权益。
