在拆迁协议中，如何确定房屋性质取决于多种因素，包括房屋所在的地理位置、房屋的使用历史、房屋建设年代、房屋建设类别等等。一般有以下几种方式：
1. 依据房屋建设年代和基本性质：对于新建房屋一般都是住宅性质，而对于老旧的房屋一般都是商业用途或者是集体用房。因此在拆迁协议中，可以从房屋建设的年代和基本性质来判断房屋的性质。
2. 查看土地使用权证：土地使用权证中会标明该土地的用途，比如是住宅用途还是商业用途。这样可以根据土地使用权证来确定房屋的性质。
3. 调查房屋的使用历史：如果一幢建筑物一直被用作住宅，那么其性质就应该是住宅性质。如果一幢建筑物被用作商业或者是办公用途，那么其性质就应该是商业或者办公性质。
在确定房屋性质的过程中，需要综合考虑多种因素，如果需要，还可以请专业人士提供意见和建议。为了确保拆迁协议的合理性和合法性，在拆迁协议中确定房屋性质是比较重要的一项工作。
