协议纠纷离婚是指夫妻双方在离婚协议书中存在争议或者协议内容不符合相关法律规定等情况，需要通过法院诉讼解决的情形。因此，在协议纠纷离婚案件中，双方需要准备以下材料：
1. 离婚协议书：双方签署的离婚协议书是解决协议纠纷离婚争议的关键证据，应该详细记录离婚财产分配、子女抚养、探望、赡养费用等方面的内容。
2. 身份证明：离婚诉讼双方的身份证明，包括身份证、户籍证明等。
3. 户口本：该材料证明离婚双方的婚姻关系。
4. 财产证明：双方的财产证明，如存款记录、房产证、汽车证等。这些证明材料有助于裁判员对离婚财产分配进行公正判决。
5. 子女证明：如出生证明、户口本、学籍证明、医疗证明等。
6. 其他证明材料：根据具体情况，还需要提供其他证明材料，例如婚姻状况证明、医学鉴定证明等。
除了以上提到的材料外，还需要注意的是，离婚诉讼中的证据认定原则是任何当事人自愿提供证据的，也包括法院可以调取的证据。因此，为了自己的合法权益，当事人还需要妥善保留与本案有关的其他证据材料。
