如果你发现你的邻居在农村宅基地上盖了三层房屋，而这已经超过了规定的限制，你可以进行投诉。
首先，你可以向当地农村管理部门投诉。通常，宅基地使用规划和管理一般由当地的农村管理部门主管。你可以向该部门的工作人员咨询有关规定和限制，然后确定是否符合规定。如果你发现邻居的房屋超出了规定的限制，则可以向该部门进行投诉。该部门将进行检查，并根据检查结果采取相应的行动。
其次，你也可以向乡镇政府或城市规划管理局进行投诉。如果当地农村管理部门未能采取行动或你不满意其处理方式，你可以向更高一级的政府部门投诉。政府部门将会对你的投诉进行调查，以确定邻居是否确实违反规定。
最后，你可以寻求法律援助。如果以上措施未能解决问题，你可以向律师寻求帮助进行诉讼。法律程序可能需要更长时间和成本，但它也可以解决较为复杂的问题。
综上所述，如果你发现邻居在农村宅基地上盖了超过规定的三层房屋，在投诉时你可以采取上述措施。不过，在进行投诉前，还应该仔细阅读相关法规和规定，以确保你的投诉是基于合理的依据。
