如果一份拆迁协议被认定无效，那么双方应该遵循相关法律法规个人合法权益的保护，进行合理的赔偿。
首先，双方可以协商解决争议。在协商的过程中，可以考虑重新签订新的拆迁协议或协商赔偿的具体方案，以达成双方都能接受的协议为目标。
如果协商仍然不能解决争议，可以选择通过仲裁或诉讼来解决。在这种情况下，拆迁方需要支付适当的赔偿金，以弥补合法权益受损的损失。赔偿标准应当基于法律法规以及市场行情进行合理的评估，并根据受损程度进行相应的赔偿。
此外，如果因为拆迁导致居民住房被破坏，还需要拆迁方有关部门及时给予相应的住房安排，确保受影响的居民有合适的住房条件。在这方面，拆迁方需要根据实际情况来做出决策。
总之，无论在什么情况下，拆迁方应当始终遵循法律法规，依法依规处理拆迁事宜，并为受影响的居民提供合理的赔偿和保障，确保居民合法权益不受侵犯。
