是的，离婚多年后双方仍然可以补充协议，但须根据实际情况具体分析。
首先，需要明确的是，补充协议的具体内容应该与原协议有关。如果补充协议涉及到离婚协议中已经解决的问题，那么需要双方再次协商并再次达成一致。如果是新增问题，则需要双方对新增的问题进行协商，制定新的协议。
其次，在制定补充协议时，还需要考虑离婚协议的法律效力。依照我国民法总则的规定，离婚协议应当符合法律规定并经当事人自愿达成，公证或者签字盖章，方能获得法律效力。因此，如果原协议没有达成法律效力，则即使双方制定了补充协议，也无法解决问题。
最后，双方在制定补充协议时，应该尽可能的保持沟通和协商。如果双方之间存在分歧或争议，可以考虑通过调解或诉讼等方式解决问题。另外，如果补充协议涉及到财产或子女抚养等敏感问题，建议双方在制定协议时对将来可能出现的情况进行充分的预想和考虑。
总之，离婚多年后补充协议的制定应当具体问题具体分析，并且要遵循法律规定，尽可能的保持双方的协商和沟通。
