根据民法典的相关规定，夫妻分居超过一年，申请协议离婚时，人民法院应当受理。如果夫妻在离婚协议中约定了离婚事项并达成了一致，法院应当予以批准。但是，如果夫妻一方不同意协议离婚，或者在婚姻关系存续期间就不同意协议离婚，无论分居时间是否超过一年，都不能协议离婚。
此外，应当特别注意的是，协议离婚所约定的各项离婚事项要符合法律规定。夫妻协议离婚，一般包括财产分割、债务承担、抚养子女、探视子女等方面的内容，如果协议内容与法律规定不符或者损害了未成年子女的权利，法院也不会批准。
因此，夫妻在分居期间应当积极协商，尽可能达成一致意见，协商解决矛盾，避免耽误分居时间过长而影响离婚进程。同时，在协商阶段要了解相关法律知识，确保协议离婚内容的合法合规。如果遇到不能达成一致意见的情况，也可考虑通过公证离婚或者诉讼离婚等方式解决，以保障自身合法权益。
