分居两年后，可以通过协议离婚来解决婚姻问题。协议离婚是指由当事人自行协商，经过律师的协助，达成离婚协议，然后向法院提出离婚申请，法院审核后决定离婚的一种方式。协议离婚相对于诉讼离婚来说，程序简单，效率高，在处理离婚问题上更加灵活。
根据我国《婚姻法》规定，夫妻分居两年以上的，可以申请离婚；如果双方一致同意离婚，可以直接协议离婚。因此，对于分居两年以上的夫妻，协议离婚是一种可行的解决方案。
在协议离婚的过程中，需要双方达成一致意见，并签署离婚协议书，协商解决财产分割、子女抚养等有关离婚事项。离婚协议书要求详细，内容全面，合法有效，符合法律规定，才能被法院审核通过，达成最终的裁决结果。
总之，分居两年后可以直接协议离婚，但需要遵守法律规定，并且进行全面的协商，以保证离婚协议的合法性和有效性。
