双方协议离婚可以去司法机关进行办理。在中国，一般是到当地的人民法院进行离婚协议的办理。具体的流程一般如下：
1. 双方协议离婚的材料准备：离婚协议书、夫妻双方的身份证、结婚证、户口本等相关证明文件。
2. 通过当地人民法院门口或者官网查询办理离婚的具体要求和流程。
3. 到当地人民法院进行办理并进行相关的面谈和审核。一般会询问离婚原因，财产分割等方面的具体问题。
4. 根据当地人民法院的规定，需要提交一定的备案费用。
5. 待审核通过并完成相关备案手续后，可以领取离婚证书。
需要特别注意的是，在办理离婚的过程中需尽量避免情绪化的言语和行为，以免对办理结果产生不良影响，同时按照规定的流程和要求进行办理可以有效的加快办理速度和保证办理的合法性和有效性。
