首先，如果夫妻双方都同意离婚，可以选择走协议离婚的程序。此时，缺失结婚证并不会对协议离婚造成太大的影响。通常情况下，可以通过其他的方式证明夫妻关系，比如结婚照片、亲友证明等，来替代结婚证。
具体操作流程如下：
1.确定协议离婚原则：夫妻双方应该商讨协议离婚的原则，如离婚财产分配、子女抚养等等。最好通过律师的帮助来制定协议离婚协议。
2.协议离婚协议书：在制定好离婚协议原则后，可以起草一份离婚协议书，该协议书应该包括夫妻双方的合意离婚意愿、财产分配、子女抚养等相关内容。
3.离婚登记：离婚协议书制作完毕后，夫妻双方应该到当地婚姻登记部门进行离婚登记。
4.等待审核：办理离婚登记后，需要等待当地婚姻登记部门审核通过。时间通常在30天左右。
5.完成离婚手续：审核通过后，可以领取加盖当地婚姻登记部门的离婚证。
总的来说，即使结婚证丢失，夫妻双方依然可以通过协议离婚来解决问题。但是，在协议离婚的过程中，需要注意细节，尽可能保证协议的合法性和公正性。
