协议离婚是否能断清涉及到多方面的因素。首先，在协议离婚中，双方需要就财产分配、子女抚养等问题达成一致。如果双方在分配财产时能够达成公平合理的协议，那么可以有效地断清经济纠纷。但是，在子女抚养等方面，由于婚姻关系的解除，往往会给子女带来不同程度上的心理影响，因此双方在协议离婚中需要深入考虑及合理规划子女抚养方案。
其次，协议离婚需要依据法律程序及相关规定进行。如果协议离婚中的协议内容存在违反法律规定的情况，那么即使双方已经达成一致，也不能有效地断清纠纷。
最后，协议离婚需要双方真心诚意的合作及信任。如果双方中存在其中一方或者双方均不诚实或不信任对方，就很难达成有效的协议离婚协议，更难将其贯彻执行。
因此，协议离婚是否能够断清涉及到多方面的因素。只有在双方公平合理的协议、法律程序与规定的保障下，且具备真心诚意的合作及信任，才能实现协议离婚真正的断清。
