在逃犯和其配偶有意离婚时，如何协议离婚是需要考虑的一个问题。由于在逃犯的身份特殊，可能会面临拘捕或其他法律制裁，因此在协议离婚时需要注意以下几点：
首先，为了避免在逃犯被揭发而影响协议离婚的进行，需要寻求专业律师的帮助。律师能够为双方提供合法、公正的咨询，避免因为过程中的疏忽而导致离婚效力出现问题。
其次，如果在逃犯已经被警方通缉，需要在离婚协议中明确该问题的处理方式。可以考虑将法律问题和离婚协议分开处理，以免影响双方的分财产、抚养子女等问题。
再次，需要明确分配夫妻共同财产的具体方式。在逃犯需要考虑尽可能多地保留资产以应对可能出现的法律问题，在没有返还事实的情况下，建议采取合理的财产划分方式，既能满足双方需求，也能减少法律纷争。
最后，需要明确子女抚养和监护的问题，特别是在逃犯不能履行监护义务的情况下。需要在协议中规定子女的抚养、监护方式及费用等相关问题，并明确法律责任。
总的来说，协议离婚对于在逃犯和其配偶来说都需要保持合法、公正和具体的原则。在寻求律师帮助、注意法律问题、合理财产划分和明确子女抚养方面做出努力，能有效避免因为法律原因导致离婚协议失效的情况发生。
