离婚协议一家三口分居应该按照以下步骤进行：
1. 确定房屋归属
首先，应该确定夫妻双方及子女的住房归属。如果有自有房产，应该明确产权归属；如果是租房，应该商定谁来承担租金和日常维护费用。如果需要再寻找新的住房，应该共同协商并达成一致意见。
2. 确定子女抚养方式
离婚后，子女的抚养方式是很重要的事情，需要双方父母共同商定。可以考虑共同抚养或者由一方独自承担抚养义务。如果采取共同抚养方式，需要确定子女的居住时间分配和抚养费用的支付方式。
3. 分割家庭财产
在离婚协议中，夫妻双方需要协商分割家庭财产。财产包括房屋、车辆、存款、股票等，需要公平分割。如果存在负债，需要共同承担。
4. 确定财产分割方式
夫妻双方应该在离婚协议中明确财产分割方式。可以采用出售、分割或者归属协商等方式，确保公平合理。
5. 确定离婚之后的约定
最后，在离婚协议中需要确定离婚后的一些约定，如名字更改、抚养费用、交往方式、财产分割等等。这些约定需要在协议中明确规定，以便各方遵守。
总之，离婚协议一家三口分居需要夫妻双方共同商定，遵循公平合理的原则，确定房屋归属、子女抚养方式、财产分割方式和离婚之后的一些约定。这样可以确保离婚后各方的合法权益得到维护和保护。
