分居两年的离婚协议需要包含以下内容：
一、离婚协议缔结的原因
协议缔结方应阐明分居两年的原因，以说明离婚协议的必要性。
二、离婚协议的目的
协议缔结方应明确离婚协议的目的，即解决双方的财产分配、子女抚养、财产归属及其他相关事项。
三、财产分配
离婚协议应明确夫妻财产的归属，以及房产、存款、股票、车辆等财产的分配方式。
四、子女抚养
离婚协议应明确子女的抚养权、监护权、探视权等相关权利和义务，包括子女的费用和教育问题等。
五、财产债务清算
离婚协议应明确财产债务的清算情况，包括偿还贷款、缴纳税款等方面。
六、解除离婚协议的处理方式
离婚协议中应包括解除离婚协议的处理方式，以防止协议执行过程中出现纠纷。
七、离婚协议生效的时间和方式
离婚协议应明确协议生效的时间和方式，以便对双方产生法律效力。
以上就是分居两年怎么写离婚协议的基本内容要点，当然，离婚协议还需要保障协议双方的合法权益，以确保最终协议具有合法性和公正性。
