在分居两年后，如何判定抚养权主要取决于以下因素：
1. 孩子的意愿。如果孩子已经年满10岁，法官通常会尊重孩子的意愿。如果孩子想和其中一个父亲生活，法官会考虑孩子的意愿来决定抚养权。
2. 父母的状况。如果一个父亲在抚养孩子方面更为有利，则法官可能会赋予他抚养权。例如，如果一个父亲在孩子的生活中花费了更多的时间和精力，那么他可能会被认为更有抚养权。
3. 孩子的利益。法官最终会考虑孩子的最大利益，以确定抚养权应当归属于谁。例如，如果一个父母患有重大疾病或抑郁症，而另一个父母能够提供更稳定的家庭环境和更好的经济状况，那么抚养权可能会被授予后者。
4. 父母是否有虐待、忽略、酗酒、吸毒等行为。如果一个父母有过虐待、忽略、酗酒、吸毒等行为，那么法官可能会把抚养权判给另一个父母。
需要指出的是，对于分居两年的夫妻而言，如果能够就孩子的抚养权达成共识，则可向法院提交协议书，经过法院审查，可以依法确认抚养权。如果无法达成共识，最好咨询专业律师对此进行咨询，以获取更好的解决方案。
