申请修改离婚协议的程序一般如下：
第一步，与前配偶协商：首先需要与前配偶进行沟通和协商，当事人可以通过口头、书面、调解等方式进行协商，尝试达成共识。如果协商成功，则需要将达成的新协议书面化并签署。
第二步，调解：如果无法通过协商达成共识，则需要寻求司法机关的调解。一般可以向当地法院提出申请，由法院指定调解员进行调解，并将调解结果出具书面协议。
第三步，申请审判：如果通过协商和调解都无法达成新协议，那么可以向当地法院提出申请进行审判，要求修改原先的离婚协议。需要填写相关申请表格，并提交到法院，同时需要提供相关证据证明需要修改协议的理由。
第四步，庭审裁决：法院一般会安排庭审，听取双方的陈述，并进行调查、审理。最终，法院会根据事实、法律规定以及公正审判原则，作出修改协议的裁决。
第五步，签署新协议：如果法院作出修改协议的裁决，当事人需要在法院指定时间签署新的离婚协议，并将协议送至相关部门进行登记。这样，离婚协议的修改程序就完成了。
