协议离婚分居后，需要办理户口迁移手续，以确定离婚后双方的户口所在地。因为在中国，户口与身份证、身份、社会保障等方面都有着密切的关联。
根据《中华人民共和国户口登记条例》规定，户口应当登记在持有居民身份证的居民的户籍所在地。因此，夫妻双方协议离婚后，需确定双方的户籍所在地并办理户口迁移手续。
若离婚的双方在同一城市，可以通过户籍迁移的方式，将户口迁到双方所在地。但若离婚的双方在不同的城市，那么就需要办理户口转移，即其中一方需要迁出原籍，再迁移至对方城市的户籍所在地。这种情况下，需要提交离婚协议书、身份证、户口本、婚姻状况证明等相关材料，办理迁户手续。
在协议离婚中，离婚协议书是非常重要的一份文件。离婚协议书中需要明确双方离婚的事由、离婚后的财产分割、子女抚养和财产分配等方面的具体事宜。离婚协议书一旦签订，就是双方的共同意愿，并且具有法律效力。因此，在协议离婚中，双方需要认真考虑离婚后的各项事宜，并与对方达成一致意见，以确保离婚过程能够顺利进行。
在处理完户籍迁移手续之后，需要办理税务、社保、医保等方面的转移，以确保在生活中能够平稳过渡。通过办理户口迁移手续，可以确定双方的户口所在地，省去了离婚后的各种繁琐手续，保证了离婚后双方的合法权益。
