房屋拆迁协议是房屋拆迁过程中必不可少的法律文件，它是拆迁双方之间约定的重要内容，包括被拆迁房屋的所有权人、拆迁时限、拆迁补偿、拆迁方案等，它具有非常重要的法律地位。
在房屋拆迁协议签订有效期内，一般情况下是不建议查封的，因为房屋拆迁协议的签订已经明确双方的权利义务，如果查封会给拆迁过程造成不必要的干扰和极大的不便，甚至可能导致拆迁无法继续进行。
但在某些特殊情况下，比如房屋拆迁协议的签订有违法行为，或在协议签订后有新的权利人出现，或拆迁过程中违反了相关法律法规，此时相关机构就有权利对房屋进行查封，为保证被拆迁方的合法权益。查封可以是暂时的，如果查封发现拆迁协议存在问题，或被拆迁房屋所有权存在争议，也可以采取诉讼的方式解决。
除此之外，房屋拆迁协议被查封还需要注意以下问题：
1.查封后，相关机构应尽快协调解决问题，保证 拆迁过程的顺利进行;
2.如果房屋已经被查封，被拆迁方不能在此期间进行出售、转让等交易行为;
3.如果查封期间过长，可能会造成被拆迁方的经济损失，相关机构需要在查封时更加慎重，保证查封的必要性和合理性。
综上所述，房屋拆迁协议是保障被拆迁方合法权益的重要法律文件。一般情况下不建议查封，但如果出现违法行为或存在争议，可以采取查封的方式解决，但需要注意查封的合法性和合理性。
