离婚协议中的公司股权分配问题属于财产分割范畴。一般而言，离婚双方可以通过以下三种方式解决：
1. 卖出股权并平分收益
离婚双方可以一起卖出所持有的公司股权，然后将收益平分。这种方式的优点是处理简单，不需要考虑以后股份的涨跌变化，而缺点是有可能无法获得股权的潜在价值，也可能遭遇分配不公的争议。
2. 一方购买对方的股权
一方或双方可以协商，由一方或两者都出资购买另一个人所持有的公司股权。通过这种方式，离婚双方可以不用卖出股权，而能够维持对公司的持股，也能避免被强制清空股份。不过这种方式需要协商分割的如何分配出比例，分配不当有可能收益的不公。
3. 共同继续持有公司股份
如果离婚双方关系较好，他们可以共同持有公司股份直到以后再卖出或提取股息。但是，这种方式存在合作风险，如果你离婚后，你和你的前配偶在工作习惯、价值观等方面产生了分歧，这种共同持股方式是很容易出现问题的。
总之，离婚协议中的公司股权分配问题需要离婚双方协商解决，根据亲情关系、公司实际情况等因素综合考虑，选择最合适的方式进行分配。
