农村宅基地是农村居民依法享有的土地所有权或使用权，被看作是农民的生产和生活基础。但是，不少农村宅基地遭到了非法占用，严重损害了农民的权益。针对这种情况，应该采取以下措施加以处理。
一、了解情况，收集证据。农民在发现自己的宅基地被占用时，应当及时与村委会、乡政府联系，并向相关部门报案，以取得相关证据。
二、尝试调解。调解是处理宅基地纠纷的一种重要方式。在尝试私下调解的同时，应当确保协议的合法性，以避免日后产生纠纷。
三、申请诉讼。如果协商不成，农民可以向法院提起诉讼，寻求法律保护。在起诉时，应当提供足够的证据来证明宅基地非法占用的事实。
四、加强管理和监管。为了避免宅基地被非法占用，政府部门应当加强管理和监管，严厉打击非法占用行为。同时，应当加强农民的法律教育，提高他们的法律意识。
五、加强宣传和教育。政府及有关单位应该加强宣传和教育，让农民了解自己的宅基地权益，知晓如何保护自己的权益，提高农民的法律素质。
总之，保护农民的宅基地权益是一项长期而繁琐的任务，需要政府、公民和社会各个方面的共同努力，才能实现农村稳定和经济发展。
