证明店长挪用公款的主要方法是通过查账和审计。具体操作可以如下：
1. 查账
店长负责管理店铺的经营资金，每一笔支出都要有对应的账目。因此，查阅店铺的财务账目可以查看店长的资金运作情况，是否存在挪用公款的情况。比如，从银行账户和现金盘点记录中查询店铺收支情况，看是否存在资金流向不明，经费支出不合理等问题。
2. 审计
审计是指对企业的财务状况、经营活动等进行检查，以反映企业真实的财务状况和经济效益。对于店长挪用公款的情况，可请专业机构或财务人员进行审计，提供专业的财务分析和审计报告。审计能够比查账更全面、更深入地检查店长的财务运作是否存在问题，检测出其他可能存在的财务风险。
3. 调查
除了查账和审计，也可以在日常管理中对店长行为进行调查。比如，对店长的支出申请单、开支票记录、现金收支单据等进行调查，看支出申请是否存在问题；查看店铺是否存在销售收入的流失，调查店长日常的消费行为、生活水平等。这些信息能够为证明店长挪用公款提供有力证据。
综上所述，证明店长挪用公款需要结合多种方法，综合分析判断。对于发现店长挪用公款的情况，有关方面应及时采取措施，保障企业和员工的合法权益。
