如果有夫妻双方签署的离婚协议，但其中的条款违反了相关法律法规的规定，双方可以向人民法院提起诉讼，要求对协议进行变更或撤销。具体的办理流程如下：
1. 提起诉讼：双方可以通过律师或者自行前往当地的人民法院提起诉讼，向法院申请对离婚协议进行变更或撤销。
2. 调解：法院一般会安排调解员进行调解，希望双方能够达成和解协议，尽可能地减少对婚姻关系的伤害。如果调解成功，法院会做出调解书，双方需要再次签署。
3. 立案：如果调解不成功，双方可以进行正式立案。法院会根据双方的诉讼请求和实际情况，做出裁定或者判决。如果离婚协议违法的情况比较明显，法院可以直接判决撤销该协议，要求双方重新协商。
4. 生效：如果双方对法院的判决或裁定没有异议，协议的变更或撤销将会生效。如果其中涉及到财产分割等问题，法院会依照相关的法律规定，制定具体的实施方案，确保双方的权益得到保障。
总之，如果离婚协议中的某些条款违反了法律规定，双方可以通过提起诉讼的方式，要求对协议进行变更或撤销。在诉讼的过程中，需要尊重法律、尊重双方的权益，尽可能地达成和解协议，从而减少不必要的纷争。
