南京离婚协议补办手续应该根据当地的相关法规进行操作。首先，要与当地的民政局联系，了解补办离婚协议的具体流程和所需材料。在提供所需材料的时候，需要提供已经签署的离婚协议、身份证明和相关证件，以及其他可能需要的证据。
接下来，应当与离婚协议签订双方沟通，确认对协议的修改是否具有一致意见。如果协议有所修改，需要重新制定协议条款，按照民政局要求的标准格式，填写相关信息。在确认无误后，需要双方亲自签名并进行公证。签署前要仔细阅读协议内容，确保自己的利益受到保障。
最后，需要提供所有的相关材料和证据去民政局进行审核，办理相关手续。民政局在收到所有材料和证件后，将进行审核和公证，确保协议的有效性和合法性。一旦审核通过后，将会颁发新的离婚证书和协议，双方需要亲自去民政局领取。
总之，补办离婚协议需要提供充分的证明材料，确保协议的合法性和有效性。双方要在补办前，充分沟通，确认彼此意见，并进行细致的协商。只有这样才能在补办离婚协议的过程中，确保自己的利益得到保护。
