是的,法院判决离婚协议是离婚。虽然一般情况下离婚协议是由双方当事人自行协商达成的,但是如果两个当事人无法自行达成协议,或者已经达成协议但其中一方违反了协议,另一方可以向法院申请离婚,并要求法院按照双方达成的协议作出判决。在这种情况下,法院将对离婚协议进行审查,并视情况予以确认、变更或者撤销。如果法院认为离婚协议符合法律规定,且不存在不利于未成年子女的条款,则可以最终判决离婚,并对离婚协议进行确认。此时离婚协议就成为了离婚的法律效果之一。因此,法院判决离婚协议就是一种正式的离婚程序,具有法律效力。