是的，房屋拆迁协议一般需要两份。一份是居民与拆迁公司签订的协议，另一份则是居民与政府部门签订的协议。
首先，居民与拆迁公司签订的协议是双方的权利义务关系的明确规定，包括拆迁的时间、地点、赔偿标准等。拆迁公司不得随意更改拆迁方案，同时也必须按照协议中规定的赔偿标准履行赔偿义务，确保居民的合法权益得到保障。
其次，居民与政府部门签订的协议则是对政府和居民之间的关系进行规定。政府部门需要尽可能保护居民的利益，确保拆迁计划得到充分沟通，同时也必须按照相关法律法规规定，遵守程序，确保拆迁程序的合规性。
值得注意的是，协议是居民与相关方面之间的法律文书，而非口头承诺。因此，居民在签订协议时应认真阅读，了解其中的具体内容和权利义务，确保自己的权益得到充分保护。同时，在签订协议前，居民也可委托律师等专业人士进行咨询，确保协议的合法性和合规性。
