协议离婚是指夫妻双方在婚姻关系中自愿达成协议，经过协商达成一致意见并以书面形式签署离婚协议。即便是协议离婚，也需要经过民政部门的审核和认证，然后才能生效。
然而，在一些特殊情况下，民政部门可能会拒绝通过协议离婚的申请。这种情况通常会发生在以下几种情况下：
1. 不符合法定离婚事由
根据我国的婚姻法规定，只有在婚姻关系中存在重大矛盾、感情破裂、不能继续共同生活或者夫妻一方有严重过错等情况下，才能申请离婚。如果夫妻双方不能提供充分的证据来证明他们之间存在以上法定离婚事由，那么民政部门可能会拒绝通过协议离婚的申请。
2. 协议内容违反法律规定
尽管夫妻双方已经达成一致意见并签署了协议离婚的协议，但如果协议内容违反了法律规定，那么民政部门也会拒绝通过申请。例如，夫妻双方约定放弃对孩子的抚养权或财产分割方案不合理等，都有可能导致申请被驳回。
3. 子女意见未得到认可
在夫妻离婚时，对未成年子女的利益必须予以保护。如果夫妻双方达成协议离婚的协议没有考虑到子女的利益和意见，或未获得子女的明确同意，那么民政部门也可能驳回申请。
总之，协议离婚只有经过民政部门的审核和认证后，才能生效。如果申请被驳回，夫妻双方可以重新协商并修改协议，或选择其他方式解决离婚问题。
