根据日本现行法律规定，协议离婚的时间取决于申请离婚时夫妻双方达成的协议内容。
首先，在双方达成协议后，需要向当地的市民咨询所或家庭法院申请离婚。如果协议内容涉及到子女抚养权、财产分配等争议，需要提供相关证明材料，如子女出生证明、银行账户证明等。
在申请递交之后，法院会调解双方协议。如果调解成功，法院会颁发离婚判决书，此时即可离婚。整个流程的时间大致为1-3个月。
但是，如果双方协议内容互相不满意或涉及较大争议，法院则可能要求双方进行亲自出庭、撰写协议书等程序。整个流程的时间可能会延长到6个月以上。
需要注意的是，日本的离婚程序比较复杂，申请离婚需要提供相应的证明材料，双方需要签署协议书，申请过程也需要在公职人员的陪同下进行。在离婚时，夫妻需要协商好财产分配和子女抚养等问题。因此，如果夫妻双方没有达成协议，离婚程序可能会比较复杂，时间也会相应延长。
