根据我国《婚姻法》的规定，夫妻感情破裂、不能继续同居的情况下，可以通过离婚程序解除婚姻关系。协议离婚是指夫妻自愿协商达成离婚协议后，向人民法院申请离婚的一种方式，而夫妻在结婚三年之后协议离婚是否有效，主要需要考虑以下几个方面：
一、协议离婚程序是否合规
夫妻离婚，无论是协议离婚还是诉讼离婚，都需要依照法定程序走完离婚审批程序。因此，在结婚三年后协议离婚时，夫妻双方要严格按照法定程序来申请离婚，否则离婚协议将无法得到有效执行。
二、协议内容是否合法
夫妻离婚协议需要符合法律规定和双方意愿，离婚协议的内容应当合法、合情、合理，不违反相关法律规定。例如，夫妻在离婚协议中约定财产分割方式应当公平合理，离婚后子女抚养、教育等相关问题需要得到妥善解决。如果协议内容不合法，法院将不予受理或者作出不予认可的裁决。
三、夫妻是否真实自愿
在离婚协议中，夫妻必须达成真实自愿的共识，即双方均表示愿意离婚并签署了离婚协议。如果其中一方存在被迫或者不真实自愿的情况，则协议离婚可能无效。因此，在离婚时，夫妻双方应当充分考虑各方面的情况，保持理性、平和的心态，以达成真正自愿的离婚协议。
总之，结婚三年后的协议离婚在法律上是存在效力的，但需要夫妻双方经过充分协商，并依照法定程序进行离婚，协议内容也需要符合法律规定和自愿原则，以免由于自身原因导致协议无效，造成不必要的法律纠纷和损失。
