如果在协议离婚的过程中，发现其中一方有小三，那么这个问题肯定会引起争议和纠纷。根据我国的婚姻法，在婚姻关系存续期间，出现第三者的行为是违法、不道德和不合伦理的，同时也是一种破坏家庭的行为。所以，在协议离婚中，其中一方出现小三的情况，另一方可以采取以下几种措施：
一、调解
如果夫妻之间还有和解的可能，可以尝试调解。当然，调解需要有公证机关或者人民调解委员会进行，确保调解的公正性和合法性。
二、撤销协议离婚
如果小三的行为是导致离婚的原因，那么可以要求撤销协议离婚。同时，也可以向法院起诉，要求离婚赔偿。
三、离婚赔偿
如果其中一方有小三的行为，触犯了婚姻法的规定，另一方可以向法院提起离婚赔偿的诉讼。根据我国婚姻法的规定，如果婚姻关系因为一方出轨而破裂，另一方可以要求对方给予经济赔偿。
总体而言，在协议离婚的过程中如果遇到类似的情况，应该及时咨询专业律师，进行权益保护。对于有小三的一方，应该认真反思自己的行为，并承担相应的法律责任。对于受小三行为影响的一方，应该保护好自己的权益，并及时采取行动。
