首先，要确定离婚的原因和双方的分居时间，以及对孩子的抚养和财产的分配。
协议书应包括以下内容：
一、离婚原因：双方自愿离婚，没有第三方介入。
二、分居时间：双方已经分居，并确定具体的分居时间。
三、财产处理：工资、房产等财产的分配情况，如房产的所有权归谁，另一方是否需要赔偿等。
四、孩子抚养：抚养权归哪一方，另一方是否需要支付抚养费和教育费等。
五、家庭财务：解除婚姻关系前的共同财务，例如婚姻债务的清偿以及后续的债务分配等。
六、离婚程序：约定离婚的程序以及解除婚姻关系的法定程序。
七、其他条款：以便确定各方在解除婚姻关系后的权益和义务，保留双方的权益，如有其他需要说明的事项，也可添加在其他条款中。
协议应由双方自愿签订，且必须在律师的指导下进行。双方应全面考虑到各种权益和义务，在协议上做到精细、详尽，以防遗漏或争议。
