昆山协议离婚的办理流程如下：
1. 先与对方沟通协商，达成离婚意向。
2. 前往当地民政局进行婚姻登记或婚姻状况登记注销。
3. 提交离婚协议书和双方身份证、结婚证、房产证、车辆证等相关证明文件，并支付相关费用。
4. 等待审查核准，确认无误之后民政部门会给出一份离婚证明。
5. 如果有不满意的地方，可以向法院提起诉讼或者协议调解，执行相关程序，待审批后再进行离婚。
需要注意的是，离婚涉及到财产分割、子女抚养、探视等问题，离婚双方需要协商好相关事宜，签署离婚协议书，然后进行登记注销。如果离婚协议书无法达成，需要通过法院调解或审判解决。
