协议离婚是指双方自愿达成离婚协议，无需经过法院判决而完成离婚手续。在协议离婚中，男方有债务也可以达成离婚协议，但需要注意以下几点：
首先，离婚协议需要充分考虑所有夫妻财产及债务的分配和清算，通过明确各自的权利和责任，确保离婚时财产和债务处置公平合理。男方应该向女方透露全部的债务信息，包括债务性质、金额、归属等。离婚协议中应该明确债务的归属，并约定清偿方式和时间。
其次，如果男方有大额负债，离婚可能需要进行资产处置，以清偿债务。在资产处置过程中，男方应该按照法律规定，分配财产，并债务清偿。如果财产受到司法拘留或没收，且协议离婚进行不下去，那么离婚双方就必须走法律程序。
最后，若是男方的债务状况比较复杂，无法充分履行还款义务，那么在协议离婚时应该咨询相关法律专业人士。他们可以根据债务的不同情况，提供不同的解决方案。
综上所述，协议离婚中男方有债务是可以达成离婚协议的，但需要注意清偿债务的方式和时间，并着眼于离婚协议的公正合理。最好在协议离婚过程中寻求法律专业人士的帮助，以确保离婚顺利进行。
